OpenPNE3 Plugins » opMessagePlugin

既存のメールやチャットアプリでの動作やレイアウトに近いものの方が直感的に操作できていいと思います。
iOSのSMSとLINEを参考に考えると

1. 入力枠は常に画面の下側に表示
2. 古いものが上に、新しいものが下に投稿される

という挙動のほうが混乱が少ないと思います。

ですので、

B) 入力枠はスクロールせずとも常に画面の下側に表示されるようにする （入力枠をクローズできるようにもする）

かつ
「最新のメッセージが一番下にくるようになっている」
のがいいのかな、というのが意見です。